Hay un programa muy bueno, se llama mkvtoolnix, es rapidismo porque no recodifica nada, solo mete en un contenedor los subtitulos, el archivo de video y el de audio, sean del códec que sean, a un contenedor .mkv, perfecto para muchos smartTVs que leen ese formato.
Y de feria es portable, no ocupa instalar nada y lo puede llevar en una "llave maya".
Saludos.
PD.: espero no salga algun tarado diciendo: "use Linux kompi" o alguna sandez parecida ¬_¬
Ese puede unir como "mitades" de películas y unir los subs sin que se desfasen?