Lo que yo le aconsejaría es que lo deje ir viendo las "dos caras de la moneda," sin que nadie lo presione para que escoja por ésta o aquella. Eso significaría que su hijo tenga la libertad de ver qué hacen los católicos y por qué piensan tal o cual cosa, y lo mismo de usted como ateo. Eso significaría que tanto usted como su madre, por ejemplo, no deberían presionarlo para que haga o no haga algo, como por ejemplo rezar; que tal experimento sea algo que su hijo decida hacer como parte de su deseo de explorar y aprender cosas. En otras palabras, que nadie le imponga nada.
Claro está, su deber sería de guía, explicarle por qué usted considera que esto y aquello no es como lo creen, valga la redundancia, los creyentes (tome en cuenta que un hijo eventualmente se verá expuesto no sólo al catolicismo, sino al cristianismo, mormonismo, islam, etc), pero en ningún momento de forzarlo a no creer. A final de cuentas, tal decisión es completamente personal; y para que un hijo llegue a este punto en algún momento (incluso, a cambiar de posición), necesita tener toda la libertad de ver, analizar, y eventualmente sacar sus propias conclusiones.
Espero mi opinión le ayude en algo, compa.