En realidad eso depende de tu motherboard, de lo que vas a ponerle a la maquina y el espacio disponible que tienes.
Recuerda que basicamente, la caja hay que verla por detras y por delante.
Vamos por partes, por delante, le deberias poner una unidad de DVD o BluRay, esto es util, especialmente cuando tengas que hacer instalaciones, ya que los sistemas operativos como Windows se pueden levantar con DVD y si usas el incorporado en la maquina te lo facilita. Es mas, compra uno simple, un DVD, es solo para eso. Lo que pasa es que cuando uno empieza a optimizar el arranque de la maquina, en el BIOS le quitas el booteo por otros medios y dejas solo el DVD y Disco Duro, o solo el Disco Duro. Un tiempo despues si tienes un problema y necesitas bootear por el DVD, ahi ya lo tienes, probablemente el booteo por USB ni lo tienes activo. Por eso te digo que compres una unidad simple interna, es solo para eso. Luego puedes comprarte un quemador USB mas completo y que te serviria para otra maquina.
Tal vez quieras ponerle uno de estos kits all in one que tiene lector de memoria, algunos puertos USB y conexiones de audio, entonces eso te ocupa un espacio mas. En mi opinion es util si tienes acceso frontal a la maquina, sino no.
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Podrias poner un kit con medidor de temperatura y control de abanicos como este:
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Pero nuevamente, solo es util si puedes ver el frente del CPU, sino no.
Ya las unidades de disquette estan obsoletas, entonces no son necesarias y ni soportadas por los motherboards, entoncs si ocuparas una, buscala USB.
Eso acaba con la parte frontal, ahora vamos con la parte trasera. AHora las motherboard traen 1 slot PCIe x16 que se usa para la tarjeta de video y unos cuantos PCIe x1 que son para otros accesorios. Entonces la caja debe poder darte acceso a todos esos slots.
Dependiendo de la tarjeta de video que escojas, la misma usa el PCIe x16 y si es una tarjeta "ancha" entonces te va a tapar 1 de los slots PCIe x1. Yo pensaria que deberias tener al menos 2 slots accesibles, porque posiblemente quieras poner una tarjeta de sonido y algo mas (yo tengo una de TV para ver TV en la compu, uso 2 monitores).
Y por ultimo, si tienes puertos USB extra a nivel de motherboard, deberias conectarlos hacia afuera para aprovecharlos, ya que ahora todo viene en USB. O agregar un hub de USB que tenga alimentacion.
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Y como te puse en una respuesta de ayer, si compras un motherboard como el de la foto, el mismo trae tarjeta de video incorporada y tarjeta de sonido, por lo que puedes dejar esas compras para despues y comprar la configuracion minima de la maquina de primero y poder usarla mientras le compras el resto. Eso hice una vez yo.
Yo pondria el cajon mas pequeño por asunto de espacio y comodidad. Especialmente cuando tienes que hacerle algo a la maquina y es incomodo andar jalando CPUs grandes y pesados. Pero sin que esto te limite la capacidad del motherboard.
Yo tengo un cajon vertical de 45cm de alto, pero tengo unidades viejas (un DVD, un ZIP, 1 floppy) porque las ocupo para efectos de soporte, y con un ventilador externo grande encima del CPU y uno frontal. Sin embargo considero que es muy grande y pesado. La proxima sera mas pequeña.