No son metáforas, al menos en el caso del evento de la división de las aguas. El texto es claro sobre lo que ocurrió y cómo ocurrió, y dice con precisión que las aguas se separaron formando muros a ambos lados, etc; se relata un evento "sobrenatural".
Pero, claro, volvemos al punto donde los creyentes ajustan a conveniencia la intrepretación del texto cuando ven que algo científico realmente no los apoyaba y ya no es un evento literal sino una metáfora.
Es una metáfora en un sentido, es relatado para gente de la época, en palabras muy simples, y descriptivas no en términos de km/h, metros, densidad del agua etc, no lo entenderían...