A que Freud se inventó el concepto de la nada, simplemente se le ocurrió que había un "inconsciente" dentro de la cabeza de una persona, partiendo solamente de una suposición. No tenía nada para apoyar esa idea más que las conjeturas que el mismo realizaba dentro de su cabeza. En suma no eran producto de un proceso observable de experimentación como el conductismo que apelaba a ejercicios de modificación de conductas en palomas o roedores. Freud también se inventó el complejo de Edipo, conceptos ya superados hace mucho por la psicología evolutiva.
Por cierto, hasta donde tengo entendido los genes son extensamente manipulables en la genética moderna, así que no son solo objetos teóricos abstractos.
