La Madre Teresa de Calcuta ha sido una de las figuras más nefastas en la historia religiosa.
La Madre Teresa ha sido tildada por uno de sus detractores, Christopher Hitchens, de tener una visión fundamentalista dentro de la propia ortodoxia de la Iglesia. Durante el Concilio Vaticano II, encabezó la oposición a cualquier reforma de la Iglesia católica. Según ella, lo que se necesitaba era más trabajo y más fe, no una revisión doctrinal. Por otra parte, una cuestión clave en la crítica a sus enseñanzas es su prédica constante del consuelo y el conformismo. «Estás sufriendo como Cristo en la cruz, así que Jesús te debe estar besando», le dijo Teresa de Calcuta a un enfermo de cáncer que se retorcía de dolor ante las cámaras. Desde su lecho, le respondió: «Por favor, dígale que pare de besarme». Esto último fue objeto de críticas igualmente pues Teresa sentía que el sufrimiento en las personas las hacía acercarse más a Jesús.
Por otra parte, no se dejó intimidar por las críticas acerca de su firme posición contra el aborto y el divorcio diciendo: «No importa quién lo dice, deben aceptar con una sonrisa y hacer su propio trabajo». Igualmente, su oposición a la inseminación artificial y el uso de anticonceptivos fue objeto de críticas; en sus palabras: «Yo no le daría un bebé de una de mis casas en adopción a una pareja que usa anticonceptivos. Los que usan anticonceptivos no comprenden el amor».
"[La Madre Teresa] confía más en la providencia que en la medicina."
-Dr. Robin Fox
La calidad de la atención ofrecida a los pacientes con enfermedades terminales en los hogares para moribundos fue criticada igualmente por la prensa médica. El doctor Robin Fox, de la revista médica The Lancet, hizo referencia a la insuficiencia de médicos, de tratamientos sistemáticos y de analgesia, mientras que Mary Loudon del British Medical Journal, reportó la reutilización de agujas hipodérmicas, malas condiciones de vida, incluyendo el uso de agua fría para el aseo de los refugiados y un mal enfoque sobre la enfermedad y el sufrimiento, ya que se inhibió el uso de variados elementos indicados para la atención médica moderna como así también el diagnóstico sistemático. El doctor Robin Fox, editor de The Lancet, tras su visita a los centros de Calcuta en 1994, constató que a los pacientes no se les diagnosticaban las enfermedades ni se les administraban analgésicos eficientes. Describió la atención médica como «fortuita, con voluntarios sin conocimientos médicos que tuvieron que tomar decisiones sobre el cuidado del paciente debido a la falta de médicos». Señaló que su orden no distinguía entre los pacientes curables e incurables, motivo por el cual gente que podía sobrevivir corría el riesgo de morir por infecciones o falta de tratamiento.
El autor de un periódico católico, David Scott, escribió que la Madre Teresa se «limitó a mantener viva a la gente en lugar de luchar contra la pobreza en sí». A su vez Sanal Edamaruku, presidente de la organización Rationalist International, criticó por escrito el hecho de que en algunos casos no otorgaban analgésicos en sus casas para moribundos y que podían oírse los gritos de sufrimiento por parte de la gente que tendría gusanos en sus heridas abiertas sin obtener alivio del dolor. En un principio, los analgésicos fuertes, incluso en los casos difíciles, no se daban.
Otras críticas de Hitchens estuvieron relacionados con los orígenes de algunas donaciones y las personas con quienes se vinculó. La religiosa aceptó dinero de la familia Duvalier (François Duvalier y su hijo Jean-Claude fueron dictadores de Haití) y los elogió públicamente. En el programa de la CBS Sixty Minutes afirmó públicamente de Michèle Bennett, esposa de Baby Doc: «Nunca he visto a los pobres ser tan familiares con sus jefes de Estado como lo son con ella. Para mí es una bella lección». Las imágenes de Teresa de Calcuta pronunciando estas palabras fueron reproducidas durante al menos una semana por la televisión pública haitiana.
Hitchens también señaló que la Madre Teresa aceptó 1,25 millones de USD de Charles Keating, quien también le concedió el uso de un avión y portaba un crucifijo que ella le diera.105 Según Hitchens, Teresa lo apoyó después de su detención enviando una carta al juez del caso: «No sé nada de los negocios de Charles Keating. Solo sé que ha sido generoso con los pobres de Dios». Hitchens escribió que el fiscal Paul W. Turley habría quedado perplejo al leer la carta manuscrita de Teresa de Calcuta. En enero de 1992, Charles Keating, el «rey de los bonos basura», había estafado a 17 000 pequeños inversores en uno de los mayores escándalos de Estados Unidos. Según Hitchens, la justicia no atendió la que él llamó «petición de clemencia» de Teresa de Calcuta, y Keating fue condenado a 10 años de cárcel.
En 1996, Irlanda celebró un referendo acerca de si su Constitución debería seguir prohibiendo el divorcio. La Madre Teresa tomó un avión desde Calcuta para apoyar la campaña a favor del voto negativo. Sin embargo, ese mismo año Teresa concedió una entrevista en la que decía que confiaba en que su amiga Diana de Gales fuera más feliz una vez que se hubiera librado de lo que evidentemente era un matrimonio desafortunado.
En el primer aniversario de su deceso, la revista alemana Stern lanzó un artículo que hablaba sobre las cuestiones financieras y el gasto de las donaciones. La prensa médica realizó críticas derivadas de diversas perspectivas y prioridades sobre las necesidades de los pobres. Otros comentarios provinieron de Tariq Ali, un miembro del comité de la editorial New Left Review, y del periodista de investigación irlandés Donal MacIntyre. Christopher Hitchens y la revista alemana Stern expresaron que la Madre Teresa no centró el uso del dinero en la reducción de la pobreza o en la mejora de las condiciones de sus centros, sino que lo utilizó para la apertura de nuevos conventos y el aumento de la labor misionera.
