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Dentro de un programa como tal no se puede. De hecho, viola los principios sobre los cuales fue diseñada la JVM.
Lo que yo generalmente hago al correr un programa es esto:
java -Xms64m -Xmx256m -jar lacosaquesea.jar
Donde -Xms64m te dice el tamaño inicial del heap (64Mb en este caso) y -Xmx256m el tamaño máximo (256Mb en este caso) -- no olvidés la "m" después del número!!!
Para hacerlo con NetBeans hay que editar el archivo netbeans.conf y cambiar la variable de parámetros de JVM por default.
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